Biowissenschaftlich recherchieren: Über den Einsatz von by Nicola Gaedeke

By Nicola Gaedeke

Praktischer Leitfaden f?r die Informationssuche: Die Autorin ber?cksichtigt insbesondere die Datenbanken und Ressourcen des nationwide middle for Biotechnology info (NCBI), mit dem sie eng zusammenarbeitete. Beispiele und ?bungen aus dem Laboralltag veranschaulichen den sicheren Umgang mit biowissenschaftlichen Datenbanken und Sequenzanalyse-Programmen. Eine praktische Orientierungshilfe f?r alle, die effizient recherchieren wollen.

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Soll eine Datenbank mit rohen, nicht überarbeiteten Daten, mit bearbeiteten/ bewerteten Daten oder mit ausgewerteten Daten benutzt werden? • Jede Datenbank hat Vor- und Nachteile. Wichtig ist, dass Sie mit den richtigen Daten für ihre Fragestellung weiterarbeiten. B. für das Auffinden von Spleißvarianten sinnvoll, mit rohen/primären Daten zu arbeiten, also eine Datenbank, die alle zur Verfügung stehenden Sequenzen, einschließlich Expressed sequence tag (EST)-Sequenzen, enthält, zu benutzen. Für die Charakterisierung von Proteinfunktionen ist es jedoch besser, Datenbanken mit bearbeiteten Daten zu benutzen, die schon sehr gut charakterisierte Proteine mit ähnlichen Domänen enthalten.

Org/cgi/content/full/35/suppl_1/D3/DC1). Hier kann in der „Category List“, der „Summary Paper List“ oder der „Complete Category/Summary Paper List“ gestöbert werden und/oder unter der Funktion „Search Summary Papers“ nach einem Datenbankartikel gesucht werden. Es lohnt sich, einmal in der „Category List“ zu stöbern. html). Neben den hier behandelten kostenfreien Datenbanken gibt es Datenbanken, in denen die Recherche kostenpflichtig ist, so wie die MEDLINE-Recherchen, die man bis in die 90er Jahre in der Bibliothek über den Datenbankanbieter „Silverplatter“ durchführte.

Um diese Fragen zu beantworten, klicken Sie auf die zu untersuchenden Leserahmen und führen eine Sequenzähnlichkeitssuche über BLASTp durch. 402) im ersten Leseraster folgendes Ergebnis: Die längste Übereinstimmung zeigt die Sequenz (Query) mit einer Sequenz des Schimpansen (Pan troglodytes; Sbjct = subject). Die beiden Sequenzen sind bis zur Aminosäure 45 zumindest ähnlich. Absolut identisch ist die Übereinstimmung bis zur Aminosäure 36. Der zweitbeste Treffer ist eine menschliche Sequenz. Hier zeigen die beiden Sequenzen eine 100%ige Übereinstimmung über einen Bereich von 32 Aminosäuren.

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